.git/configに
[i18n]
commitEncoding = sjis logOutputEncoding = sjis
と記述すると、コマンドライン上は文字化けはしなくなりますが、やはりinstaweb、EGIT(Eclipseプラグイン)でコミットメッセージを表示すると文字化けします。instawebやEGITは上記の設定を無視してutf-8で読んでいるようです。現状、完全に文字化けしなくするには、utf-8でコミットメッセージを扱うしかありません。本来ならinstawebやEGITがconfigのi18nセクションを読んでコミットメッセージの扱いを変えれば良いのですが...
しかし、常に内部のエンコーディングを気にする必要があるのは正直面倒。この点はBazaarやMercurialが優れています。